De acuerdo con lo establecido en el Estatuto General de la Universidad Nacional de
Colombia, Acuerdo 11 de 2005 del Consejo Superior Universitario: El Departamento es la comunidad natural de los docentes donde se conciben y programan las actividades propias de la profesión académica, como la docencia, la investigación y la extensión.
El Departamento de Salud Oral aparece en la Facultad de Odontología como producto del Acuerdo 010 de 2000 y del Acuerdo 019 de 2001, del Consejo Superior Universitario, referentes a la organización de las Facultades. Estos acuerdos generaron las Unidades
Académicas Básicas de Gestión Académico-Administrativa. Por Resolución N° 054 de
2002 del Consejo de Facultad se reglamenta la estructura académico administrativa de la
Facultad de Odontología de la Sede Bogotá, según el acuerdo 003 de 2002 del Consejo Superior Universitario.
El Departamento de Salud Oral incluía las secciones de Rehabilitación Oral, Cirugía, Odontopediatría, Ortodoncia, Periodoncia, Endodoncia, Farmacología, Microbiología, Imagenología, Semiología, Patología Oral y Ciencias básicas.
En la Facultad se constituyeron el Departamento de Salud Oral y el de Salud Colectiva. Posteriormente mediante el Acuerdo 014 de 2008 - (numeral 7) se conformó el Departamento de Ciencias Básicas y Medicina Oral como Unidad Académica Básica y
desde entonces, el Departamento de Salud Oral ha quedado constituido por las secciones de Rehabilitación Oral, Odontopediatría y Ortodoncia.